胃腸道是一個開放的環(huán)境。在動物出生前，胃腸道是一條無菌的管道。動物出生時，細(xì)菌等微生物立即通過食物、飲水、土壤、空氣以及皮膚等途徑開始進(jìn)入腸道，并在腸道中定植，形成腸道菌群。菌群是胃腸道中一個復(fù)雜的微生物群體，主要由細(xì)菌組成，具有非常重要的生理作用。據(jù)估計，在動物的胃腸道中棲居著大約 30 屬 500 多種細(xì)菌，主要由厭氧菌兼性厭氧菌和需氧菌組成，其中專性厭氧菌占99%以上，僅類桿菌及雙歧桿菌就占細(xì)菌總數(shù)的90%以上。
正常腸道菌群是指在動物腸道內(nèi)存在的微生物層，在正常情況下即動物處于健康狀態(tài)時，這些微生物并不會引起動物表現(xiàn)異常或發(fā)生致病現(xiàn)象，這一微生物層被稱為正常菌群或固有菌群和原籍菌群。這些正常菌群是動物機(jī)體內(nèi)環(huán)境中不可缺少的組成部分，對動物宿主是有益無害的。在不同的部位，細(xì)菌的數(shù)量和種類都有所不同，形成了一個龐大而復(fù)雜的微生態(tài)系統(tǒng)。雖然隨著動物年齡增長、營養(yǎng)變化等因素的影響，腸道菌群可以發(fā)生變化。但是，腸道正常菌群的種類、每種細(xì)菌的數(shù)量及所占的比例、不同細(xì)菌所定植的部位等在每一種動物則是相對穩(wěn)定的。一個穩(wěn)定菌群的建立是一種復(fù)雜的過程。這個過程受宿主與菌群成員之間互作的影響。所以，腸道菌群自身以及與宿主之間始終處于一種動態(tài)的平衡中。這種平衡和穩(wěn)定對動物機(jī)體的生理功能具有十分重要的作用，對宿主的健康具有深遠(yuǎn)的影響。已經(jīng)證實(shí)，動物的日糧、抗生素的使用以及給予益生素都會影響腸道菌群的組成。
從主要的功能和作用上分，腸道菌群一般可以分為有益菌、條件致病菌和病原菌 3 個部分。有益菌與宿主之間表現(xiàn)為共生關(guān)系，故又稱為共生細(xì)菌或共棲細(xì)菌，為專性厭氧菌，是腸道中的優(yōu)勢菌群。共生一詞的意思是“坐在同一個餐桌上”。雖然共生細(xì)菌可以產(chǎn)生與宿主競爭營養(yǎng)的不利作用，但是，也具有生物拮抗、營養(yǎng)及免疫調(diào)節(jié)等對宿主有利的作用。共生細(xì)菌主要包括雙歧桿菌、乳桿菌、芽孢桿菌、以及丁酸梭菌等；條件致病菌也可以與宿主共生，以兼性需氧菌為主，為腸道中的非優(yōu)勢菌群，在腸道微生態(tài)處于平衡狀態(tài)時是無害的，在特定的條件下具有侵襲性，對動物機(jī)體有害，如腸球菌、腸桿菌等；病原菌多為過路菌，長期定植的機(jī)會少，在腸道微生態(tài)平衡時，由于這些細(xì)菌數(shù)量少，不會致病。但是，如果大量繁殖使數(shù)量超出正常水平時，則可引起動物發(fā)病，如沙門氏菌、致病性大腸桿菌、梭狀芽孢桿菌等。
腸道中的共生細(xì)菌有許多有益的作用，可以通過定植粘附競爭占位等非免疫調(diào)節(jié)作用來穩(wěn)定微生態(tài)環(huán)境，保持動物的健康，還可以通過提高機(jī)體的體液免疫水平和細(xì)胞免疫水平來增強(qiáng)機(jī)體的免疫防御機(jī)能，提高動物的抗病能力。除此之外，共生細(xì)菌可以包括通過碳水化合物發(fā)酵產(chǎn)生能量、合成維生素如維生素B和 K 等對動物產(chǎn)生營養(yǎng)作用。這些作用對于保持動物的健康與生產(chǎn)性能都很重要的。
